В 2005 году Муниципальный Молодежный Совет был сформирован на Молодежном форуме, где каждый член Совета защитил свой проект - направление деятельности. В январе 2006 года после консультаций с Комитетом по молодежной политике мэрии Ярославля, на фоне спада активности ряда районных Советов, принимается решение о преобразовании ММС в молодежную общественную организацию "Молодежный Совет города Ярославля", а районные МС - в его первички. Учредительная конференция проходит 6 февраля 2006 г. В 2007 году мы отчитываемся о работе перед очередным Молодежным Форумом, и передаем полномочия органа молодежного самоуправления Исполнительному комитету Молодежного Форума. Свои планы и программы мы теперь утверждаем на внутренних конференциях, в которых принимают участие только члены Молодежного Совета города Ярославля.
В 2006-2008 гг. Молодежный Совет на пике по количеству членов организации - число активистов и добровольцев доходит до 170, а список мероприятий на год подбирается к сотне.

Совет развивается и горизонтально, и вертикально: с одной стороны в районах города активно растут первички, с другой - городские направления деятельности, которые собирают в комплексные проекты ключевые мероприятия организации. Спортивное направление занимается лаптой, соревнованиями "Осенние дни молодежи" и пляжным волейболом, патриотическое - субботниками, игрой "Медвежьи тропы" и фестивалем национальных культур "Россия - Радуга", творческое - литературным конкурсом "Серебряная даль" и фотоконкурсом "Ярославль моими глазами". Активно работают направления по проведению интеллектуальных игр, по работе с детьми из детских домов, киберспорт, профилактическое направление, направление развития КВН-движения. Инициативы ПО в Красноперекопском районе оформляются в мощное и яркое направление по работе с субкультурами, которое проводит крупные межрегиональные фестивали уличной культуры и чемпионаты по сноуборду. Работает направление по развитию корпоративной культуры, информационное и кадровое направления, служба фандрайзинга.

В первые годы своей работы Муниципальный Молодежный Совет собирался еженедельно в Малом зале мэрии Ярославля, а МС в районах - на различных площадках вроде ДК, библиотек и детских центров. В январе 2006 года Совет на постоянной основе начинает собираться в клубе "Ровесник" на ул. Советской, д. 6/10, который стал уникальным пространством для актива молодежи на несколько лет.
Совет проводит ребрендинг, принимает новую символику с ярким восклицательным знаком и фирменный синий цвет. У организации появляется собственный телефон, новый постоянный почтовый адрес. Сборы Городского МС и районных первичек проходят каждую неделю, плюс рабочие группы раз-два в неделю собираются в Ровеснике для подготовки мероприятий. Значительная часть городских мероприятий ("Осенние дни молодежи", "Медвежьи тропы", лапта и т.п.) имеют свою отборочную систему в районах. Для сплочения команды проводятся конкурсы первичек, конкурсы председателей районных ПО, массовые праздники типа Дня семьи.

За первые 4-5 лет работы в Ярославле Молодежный Совет прочно занимает позицию организации, способной качественно организовать и провести крупное мероприятие или проект. Главным партнером МС остается Комитет (позднее - Управление) по молодежной политике мэрии Ярославля. На уровне региона МС активно передает наработанные методики и взаимодействует со своими коллегами из Углича, Рыбинска, Переславля-Залесского, Ростова, Тутаева. Внешние связи распространяются на Иваново, Пермь, Минск. Мы продолжаем активно ездить в лагеря: ДНК, Областной лагерь МС, Русские традиции, КВН Эффект смеха и другие. Члены МС победно представляют город и регион на престижнейшем в то время конкурсе "Лидер XXI века". Мы активно участвуем в городском и региональных конкурсах грантов. Компетенции, накопленные в ряде направлений (например, по работе с субкультурами), выводят МС на уровень участников общегородских совещательных мероприятий, круглых столов, председатель МС избирается в первый состав Общественной палаты города.